鰲鼓濕地範圍廣闊，北以北港溪為界，南至六腳大排，東臨舊台糖鰲鼓農場大門堤防以西，西至臺灣海峽。早期台糖在此開墾，近年來受環境影響，使鰲鼓濕地形成多樣的生態環境，包括有大範圍的海岸灘地、廢耕地、魚塭、農墾區及防風林。這些不同型態組成的生態環境，造就多樣性豐富之動植物相。

植物、水生動物、昆蟲、哺乳類與爬蟲類物種穩定、數量豐富，吸引了大批的鳥類來此棲息，調查紀錄及文獻記載有許多保育類及稀有鳥類曾在此棲息繁殖的紀錄，故受到保育人士的重視。

鰲鼓濕地的自然生態資源相當豐富，擁有台灣西南沿海水鳥重要棲息地，同時日夜行性猛禽在此棲息、覓食、甚至繁殖。這樣的優勢條件，符合國際所認定之IBA 重要野鳥棲息地。但在社會經濟與時空環境的變遷中，鰲鼓濕地過去曾有的規劃構想包括工業區、自然生態公園、空軍炸射靶場、軍事遊樂園，但其定位引發了開發與保育的爭議。因此嘉義縣政府考量生態保育與觀光發展能夠兼俱，決定朝保護區方向發展以達成以下各項的目標：
（一）確保濕地完整性及生物多樣性。
（二）確保本土留鳥、珍貴稀有日夜行性猛禽、度冬水鳥及繁殖夏候鳥棲地之安全。
（三）基礎生態環境資料之建立，妥善經營管理溼地資源。
（四）提供社會大眾一處生態保育、教育、研究最佳場所。