本計畫依據內政部「99 年度國家重要濕地生態環境調查及復育計畫申請補助須知」提出申請，希望透過本計畫之執行，具體落實四草濕地及鹽水溪口濕地之生態巡守及監測，符合生物多樣性保育理念之濕地生態監測、巡守及教育解說計畫，以達到濕地生態永續及在地化參與等目標。

四草野生動物保護區始自1992 年政府計畫利用台鹽鹽田編為臺南科技工業區(簡稱科工區)時，在學者專家及保育團體的努力爭取下，臺南市政府終獲行政院農業委員會核定，於1994 年11 月30 日將部分開發區公告劃設為四草野生動物保護區，合計523.8 公頃面積，三個分區面積分別如下：
高蹺鴴繁殖區(A1 區)54.6530 公頃，北汕尾水鳥保護區(A2 區)337.3052 公頃，竹筏港水鳥保護區(A3 區)131.8898 公頃。並於98 年10 月15 日公告為台江國家公園。

依據IUCN 亞洲濕地調查報告，四草被認為具有國際級重要地位，被列為台灣十二大濕地之一。四草亦為台灣重要野鳥棲地(IBA)：每年約有300隻以上的黑面琵鷺在四草度冬，以及約有100 對以上的高蹺鴴在四草繁殖，其他鳥類則以鷸科、鴴科、鷺科、雁鴨科等為主；另外還有珍稀之東方白鸛、遊隼、諾氏鷸與反嘴鴴等。在水陸交會處以紅樹林為主的海茄苳、欖李、紅海欖(原稱五梨跤)與土沉香，土堤處則以濱水菜、鹽地鼠尾粟及海雀稗為主，珍貴稀有植物有禾葉芋蘭。

四草濕地是台灣沿海紅樹林保存最完整、歧異度最高的棲地之一。保留鹽田原貌的A2 區(面積約337 公頃)，靠近科工區的50 公頃棲息地已浚深達2 公尺，適合大型魚類棲息，擁有豐富的濕地生態，如土龍(波露荳齒蛇鰻)Pisodonophis boro (蛇鰻科Ophichthidae)；近來，更因國際知名的保育鳥種─黑面琵鷺活動日趨頻繁，而受到注目。此外，四草濕地是軟體動物台灣波浪蛤 Lyonsia taiwanica (薄殼蛤科 Laternulidae)及台灣花瓣蛤Fronsella taiwanica(沙錢蛤科 Montacutidae)，節肢動物台南秘蛛Aphantaulax tainanica( 鷲蛛科Gnaphosidae) 及大員牙蟲Berosustayouanus (牙蟲科 Hydrophilidae)等四種生物命名的標本採集地。

鹽水溪口濕地位於臺南市鹽水溪出海口，面積635 公頃，由鹽水溪、嘉南大排流出的淡水在河口和海水相會，形成適合植物及貝類生長的環境，也是大白鷺及中白鷺的重要繁殖巢區。