清水溼地位於國之北疆-馬祖列島上，且在物種分佈上有其獨特的意義，所以若是以此為保護及保育，是極為刻不容緩的事，而近年來因為週邊的施工破壞（珠山電廠及廢土傾倒）與來自大陸沿岸的海飄垃圾，更使得永續保育的工作顯得重要且急迫，綜觀清水溼地現在面臨的問題只有清水社區協會利用會員每個月一次的淨灘來持續關懷，無論是，質或量皆不足以長期擔此重責，於98 年度獲分署計畫支持，得以初步對於濕地進行調查、宣導與維護管理。

為永續保育清水溼地，於99 年度賡續辦理〝國家重要濕地社區生態巡守隊〞於溼地內及周邊進行溼地監測，及防止濫捕溼地內之物種及破壞現有之環境，且積極的對破壞者進行勸導及宣導，教育社區居民濕地與我們生活的密切關係，並思考以在地化培訓生態志工，以達永續經營。

在思考拉姆薩濕地公約的行動後，發覺一直在強調的是人類在保存工作角色上的重要性：他們的生計、他們的福利、他們的傳統和信仰、他們的休閒以及工作，而不僅僅是他們經濟及社會上的安康快樂，而且還有他們的文化遺產與生物多樣性。而我們也期望巡守隊能讓社區乃至來訪的外來人士能視濕地為我們家園生活的一部分，密不可分的關係，與生活相結合，成為居民願意前往遊憩及活絡社區休閒，更進一步打造社區觀光產業的遠景。