1992年政府利用台鹽鹽田編訂台南科技工業區時，在學者專家、保育團體的推動下，台南市政府於1994年11月30日將部份開發區公告劃設為四草野生動物保護區，合計523.8公頃，高蹺鴴繁殖區(A1區)54.6530公頃，北汕尾水鳥保護區(A2區)337.3052公頃，竹筏港水鳥保護區(A3區)131.8898公頃。行政院農業委員會於2006年12月22日公告劃設為野生動物重要棲息環境，並於2009年10月15日公告為臺江國家公園。

其中的A1高蹺鴴繁殖區主要作為提供高蹺鴴繁殖及其他水鳥之棲息覓食，目前由社團法人台灣濕地保護聯盟認養，濕盟從2002年開始協助台南市政府進行A1保護區的棲地改善，除致力於經營管理A1區，亦持續進行了生態監測調查，一方面預防對生態環境造成衝擊，一方面累積基礎資料，以作為經營管理效益之評估。

自A1區劃為台江國家公園後，其研究調查計畫統籌由台江國家公園管理處辦理，台灣溼地保護聯盟將不再進行A1保護區的巡守及調查工作，於是本年度開始計畫將A1保護區周邊的鹿耳門溪流域列為監測及巡守目標，由於A1區與鹿耳門溪的水域互相連通，地理位置更是相近，都屬於鹿耳門溪流域的一部分。在現有的基礎上，除了台江國家公園繼續進行之研究計畫外，若能再針對加強保護區周邊的生態進行監測及巡守，不僅可做為濕地管理成效的參考依據，也可補足四草保護區長期生態資料的完整性。