國家重要濕地獎補助作業補助經費視立法院通過之法定預算為準。
內政部每年於6-8月時開始接受申請，受理窗口為各縣市政府，經由一定程序後於10-12月召開獎補助諮詢會議，並預定於12月底核定計畫經費，隔年1月開始實施。
相關申請資訊可至國家重要濕地網站(wetland-tw.tcd.gov.tw)查詢。
目前獎補助係針對地方級重要濕地、地方級暫定重要濕地及其他濕地之計畫。