濕地名稱 縣市 鄉鎮市區 分級 地區
桃園埤圳濕地 桃園縣 各鄉鎮市 國家級 北部
許厝港濕地 桃園縣 大園鄉、觀音鄉 國家級 北部
挖子尾濕地_淡水河流域濕地 新北市 八里區 國家級 北部
淡水河紅樹林濕地_淡水河流域濕地 新北市 淡水區、八里區 國家級 北部
五股濕地_淡水河流域濕地 新北市 五股區、蘆洲區、新莊區、三重區 國家級 北部
臺北港北堤濕地_淡水河流域濕地 新北市 淡水區、八里區 國家級 北部
新海人工濕地_淡水河流域濕地 新北市 新莊區、板橋區 國家級 北部
城林人工濕地_淡水河流域濕地 新北市 板橋區、樹林區、土城區 國家級 北部
鹿角溪人工濕地__淡水河流域濕地 新北市 板橋區、樹林區 國家級 北部
打鳥埤人工濕地_淡水河流域濕地 新北市 板橋區、土城區 國家級 北部
浮洲人工濕地_淡水河流域濕地 新北市 新莊區、板橋區 國家級 北部
關渡濕地_淡水河流域濕地(新北市) 新北市 八里區、五股區、蘆洲區 國家級 北部
大漢新店濕地_淡水河流域濕地(新北市) 新北市 三重區、新莊區、板橋區、中和區、永和區、新店區 國家級 北部
淡水河流域濕地(新北市) 新北市   國家級 北部
香山濕地 新竹市 香山區 國家級 北部
新豐濕地 新竹縣 新豐鄉 國家級 北部
鴛鴦湖濕地 新竹縣 尖石鄉 國家級 北部
夢幻湖濕地 臺北市 北投區 國家級 北部
關渡濕地_淡水河流域濕地(臺北市) 臺北市 北投區、士林區 國家級 北部
大漢新店濕地_淡水河流域濕地(臺北市) 臺北市 萬華區、中正區、文山區 國家級 北部
淡水河流域濕地(臺北市) 臺北市   國家級 北部
西湖濕地 苗栗縣 後龍鎮 國家級 中部
大肚溪口濕地(彰化縣) 彰化縣 伸港鄉、和美鎮 國家級 中部
七家灣溪濕地 臺中市 和平區 國家級 中部
高美濕地 臺中市 大安區、清水區 國家級 中部
大肚溪口濕地(臺中市) 臺中市 龍井區、大肚區 國家級 中部
五十二甲濕地 宜蘭縣 五結鄉、冬山鄉、蘇澳鎮 國家級 東部
蘭陽溪口濕地 宜蘭縣 宜蘭市、壯圍鄉、五結鄉 國家級 東部
無尾港濕地 宜蘭縣 蘇澳鎮 國家級 東部
南澳濕地 宜蘭縣 南澳鄉 國家級 東部
雙連埤濕地 宜蘭縣 員山鄉 國家級 東部
花蓮溪口濕地 花蓮縣 吉安鄉、壽豐鄉 國家級 東部
馬太鞍濕地 花蓮縣 光復鄉 國家級 東部
新武呂溪濕地 臺東縣 海端鄉 國家級 東部
大坡池濕地 臺東縣 池上鄉 國家級 東部
小鬼湖濕地 臺東縣 卑南鄉 國家級 東部
卑南溪口濕地 臺東縣 臺東市 國家級 東部
南仁湖濕地 屏東縣 滿州鄉 國家級 南部
龍鑾潭濕地 屏東縣 恆春鎮 國家級 南部
洲仔濕地 高雄市 左營區 國家級 南部
大鬼湖濕地 高雄市 茂林區 國家級 南部
楠梓仙溪濕地(高雄市) 高雄市 那瑪夏區 國家級 南部
楠梓仙溪濕地(嘉義縣) 高雄市 阿里山鄉 國家級 南部
鰲鼓濕地 嘉義縣 東石鄉 國家級 南部
好美寮濕地 嘉義縣 布袋鎮 國家級 南部
布袋鹽田濕地 嘉義縣 布袋鎮 國家級 南部
朴子溪河口濕地 嘉義縣 東石鄉、布袋鎮 國家級 南部
八掌溪口濕地(嘉義縣) 嘉義縣 布袋鎮 國家級 南部
嘉南埤圳濕地(嘉義縣) 嘉義縣 民雄鄉、太保市、朴子市、水上鄉、中埔鄉 國家級 南部
鹽水溪口濕地 臺南市 安南區、安平區、中西區、北區 國家級 南部
七股鹽田濕地 臺南市 將軍區、七股區 國家級 南部
北門濕地 臺南市 北門區、學甲區 國家級 南部
官田濕地 臺南市 官田區 國家級 南部
嘉南埤圳濕地(臺南市) 臺南市 後壁區、白河區、新營區、柳營區、六甲區、官田區、大內區、玉井區、新化區、關廟區、東山區 國家級 南部
八掌溪口濕地(臺南市) 臺南市 北門區 國家級 南部
慈湖濕地 金門縣 金寧鄉 國家級 離島
清水濕地 連江縣 南竿鄉 國家級 離島
青螺濕地 澎湖縣 湖西鄉 國家級 離島